Kurultayda Şimşek’in, "zamanında başvuru yapmadığı" ve "yeterli sayıda delegenin imzasını toplayamadığı" gerekçesiyle adaylık başvurusu kabul edilmemişti. Bu duruma itiraz eden Şimşek, 5 dakika geç kaldığını ifade etmişti.
4 sayfalık itiraz dilekçesini yayınlayan Başaran, "Olağanüstü kongrelerde itiraz için 48 saatlik süre vardır. Bu sürede YSK'ya yapılan başvurunun ciddi gerekçelere dayandığı iddia ediliyor. CHP'li akademisyen Kemal Çiftçili 48 saat içinde olağanüstü kongrenin iptali için dilekçe verdi. Dilekçede 'kanuna karşı hile yapıldı, antidemokratik şekilde oldu bittiye getirildi, fiziksel engellemelerle aday olamadık' deniyor. Aynı zamanda seçme ve seçilme hakkımı elimizden alındı denilerek, kayyım atanacak diye kanuna karşı hile yapıldığı belirtiliyor. Her şeyden öte Berhan Şimşek'in nasıl aday yapılmadığı da dilekçede yer alıyor" şeklinde konuştu.